Após ajudar na derrota da Hidra, Coulson foi encarregado da direção, e sua principal tarefa é a reconstrução da agência. E isso não será uma tarefa fácil, com grande parte dos agentes ou mortos, ou infiltrados da Hidra ou largando seus empregos. A Agente Melinda May (Ming-Na Wen), experiente piloto, artista marcial e amiga de longa data, continuará cuidando de Coulson, preocupada com as estranhas gravuras que ele tem marcado nas paredes. O que essas marcas significam, e será que Coulson é confiável? Grant Ward (Brett Dalton), altamente treinado em combate e espionagem, foi descoberto como sendo infiltrado da Hidra, trancafiado longe dos seus colegas e do mundo. Mas não será a última vez que o veremos… Após serem deixados para morrer por Ward no meio do mar, o Agente Leo Fitz (Iain De Caestecker), brilhante engenheiro, e a Agente Jemma Simmons (Elizabeth Henstridge), genial bioquímica, encontraram uma maneira de escapar de sua lápide submarina. Mas nem tudo correu como o esperado para Fitz: Foi deixado em coma e pode nunca recuperar todas suas funções cognitivas, um verdadeiro choque para Simmons. E a hacker Skye (Chloe Bennet), agora uma completa agente, descobriu que é um 0-8-4 – um objeto de origem desconhecida – e que seus pais eram considerados “monstros”. Teria Skye acobertado escuridão em seu ser? Além disso, junta-se ao time de Coulson o mercenário Lance Hunter (Nick Blood). Será que, por não ter chegado ao topo pelas suas pontuações, ele possua algum motivo oculto para ajudar o grupo? Em quem Coulson pode confiar?